最後忍者們使用創世龍卷風，用創造的力量使所有的鬼怪消失，黑暗力量也消失了。 旋風忍者的故事中，講述著一個名為 “Ninjago” 的土地上，在過去，曾有一位大師，他是最初的「旋風術」大師，用四把黃金神器來創造世界。 然而，大哥變得邪惡，想要藉由四把神器來統治世界，並與弟弟大戰起來。 最後，弟弟打贏了這場戰鬥，並把兄長打入一個叫做「地下世界」 的國度。
在慌亂中，凯把陳大師的魔杖打碎，並將全部的元素之力還給每一個元素大師。 看似計畫被中斷，但克勞斯說「先前天乐已經將全部的元素之力儲存在她身上」，並退而求其次，綁走自己的女兒，全部落跑。 發現赞還活著真的很令人開心，後來寇也想辦法把赞從牢房放出來。 當上面還在作戰時，下方也不能閒著，底下這些失去元素之力的元素大師，準備聯手起來，殺出一條活路出去。
個性勇敢和聰明但也害怕失敗及討厭被當人質，擅長修理、研發武器。 後來化名為「X武士」並穿戴著盔甲和大型機甲私下幫助忍者們，其身份後來被揭穿。 經過博格的分析器和素素的計算，事實上適合的對象是阿剛。 第五季時為了對抗鬼魂而被告知從母親那繼承了水元素力並接受了訓練成為水系忍者，之後便不再以「X武士」的身份行動。 第十一季冰之章中於索拉的指導下學會了操控水的另一種形式—冰。
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在此同時，因為忍者們與伽瑪當師父在沒留下任何話就失蹤，讓還在本島上的尼雅與胡大師等人相當緊張。 在仔細追蹤之後，尼雅開著新的移動式指揮部，與德瑞冒充陳大師的麵店卡車，一起來到島上，尋找忍者們的下落，並且偷走克勞斯的咒語書。 除了讓忍者在比賽中對上彼此，陳大師也故意挑撥忍者與其他元素大師們，讓其他人團結起來，一起想辦法把忍者從比賽中淘汰掉。 樂高旋風忍者遊戲 從前導季開始，杰就迷戀上尼雅，甚至從第一季開始，就能感受到這小兩口吸引彼此，但從這一季開始，「三角戀」戲碼挑撥杰、寇、尼雅之間的感情。
但因為胡大師一直在講這件事，讓魔洛一直相信自己就是那被選中的人，最後失望至極，憤怒之下，離開了修道院。 他們已經學會了「飛空術」，現在也有了神器「聖殿之劍」，接著就是要找到初代旋風術大師的墓地。 正當忍者們在思索最後一到線索，卻發現羅南把庇护之劍給偷走。
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開了一個網站可讓粉絲做出自己的人偶，在影片的官方預告片中。 該公司已聘請全球的合作夥伴，以一個廣泛、多元的支持這部電影。 艾密特見到了長老的鬼魂，要他不要放棄，使得艾密特將固定自己的裝置弄倒，並自己掉落到大樓下方無盡的深淵。 溫絲黛到錄影室廣播要人民們堅強反抗，接著便決定到城市去對抗總裁。 這時，積木堡的霸主企業總裁在大樓中向壞警察指責他沒捉到艾密特，並用瘋膠魔將壞警察的父母黏住不動，還將壞警察的「好警察」的一面抹消掉。
當年當人蛇戰爭開打時，他們的父母就是重要戰力之一，一起對抗陳大師與蛇族。 打造全新身體的赞，一開始並沒有前面身為忍者的記憶，甚至對於自己竟握有某種冰的元素能力而感到懼怕。 在上一季，赞為了擊敗 Overlord 而壯烈犧牲，但在最後一集的最後，有暗示他的意識尚存在於電腦網路中，並以工廠開始打造全新機器人身體來做結尾。 樂高旋風忍者遊戲 使用全新身體的赞，身上全都是直接以鈦金屬製成，變成名副其實的「鈦忍者」，而不像上一季中，還有露出黃皮膚的外殼。 最後在陳大師的干涉之下，讓寇掉入暗道，成為忍者中第一個被淘汰的人。
當倒數鐘時間到時，預言中的「最終之戰」就會來到，而到時就是黑暗之主統治世界的時候。 伽瑪當君王想到，先前復活 使命號的 原船主，也就是那幫海盜船員時，曾經在船上的航海日誌讀到關於「黑暗之島」 的描述，上面一定有他用來對付忍者的黑暗力量，因此指揮蛇族，駕駛直升機到海上尋找。 但在海上徘徊許久，始終沒看到島的蹤跡，加上先前對付忍者的計畫全數失敗，「黃金權杖」也早已消失不見，蛇族決定叛變手無寸鐵的伽瑪當，把他踢進海裡，改由藍妖蛇族首領 繼續指揮蛇族大軍。 伽瑪當君王回到過去，忍者們也跟著回到過去，要阻止伽瑪當君王打亂歷史。 他們就想到：只要破壞掉伽瑪當君王手上的「巨大兵器」，就可以阻止伽瑪當的計謀，而要破壞巨大兵器，就得拿起那個時間點的四把黃金神器，與之對抗，畢竟巨大兵器就是從四把神器融合起來，其力量是相同的。
他們需要先幫助一些吉爾克族，然後通過一支黑暗骷髏大軍。 跟穿著機械人服的赤地一起騎著他的強力摩托車飛馳去作戰。 白骨王配有 1 把劍，而白骨獵人則有 1 把白骨十字鎬與 1 把劍。 挑戰成功時，你會獲得可蒐集的「Focus」（專注）旗幟當作獎勵。
後來當對方要將蓋子取下時，先前出現過的那位女性現身救走了艾密特，並迅速利用週遭的積木組裝了一台機車帶著艾密特躲避警察的追殺，並向艾密特說出自己的名字是溫絲黛，透露其實艾密特是預言中的「救世主」。 躲避到積木堡外的邊界後的西部世界，溫絲黛和艾密特見了維特長老，艾密特認為自己並不像預言中的救世主那樣是個「建築大師」，溫絲黛也這樣認為，但長老認為這是要訓練的因此決定要好好鍛鍊他。 故事發生於樂高宇宙，所有的人物和建築物都是樂高組成的。 故事敘述吳大師私下訓練了六名年輕的忍者，以成為堅強的「英雄」。 與此同時，一支由伽瑪當大師領導的邪惡軍閥襲擊了城市，使得其兒子「綠忍者」勞埃德必須在對抗敵人之餘，也得面對自己的父親。
黑暗之主提議，兩人聯手將能重新讓黑暗壟罩大地，現在他們要做的，就是啟動預言中「最後之戰」的倒數鐘，等倒數完畢後，就能擊敗忍者們，並重新統治世界。 原來黑暗之島已沉入海中，只留下一點點還在海面上，看到有了一個強大的盟友，黑暗之主便利用其力量，將整座島重新拉出海面，準備向 Ninjago City 突擊。 除了是敵對關係外，伽瑪當處處阻止忍者們繼續訓練勞埃德，是希望避免勞埃德真的成為綠忍者，他很害怕必須與兒子決一死戰的那一天到來。 對於眼鏡蛇大軍叛變一事，勞埃德覺得很難受，因此遵循蛇族部落地圖，再解放另一支紅蛇族「赤蠍蛇族」（Fangpyre），發現赤蠍蛇族跟藍妖蛇族有不共戴天之仇，再指揮牠們去跟藍妖蛇族交戰。 但打開古墓大門才發現，整個古墓只剩下一副副骨骸，僅剩該族首領「彼拉」存活。 看到隻身前來的小屁孩勞埃德，彼拉釋出善意，一起玩樂、搗蛋。
發動引擎，在 LEGO Gloom Busters 中拯救市民。 開車環遊世界，幫助城堡、農場與神秘森林的 15 個不同角色。 官方樂高品牌專賣店也已安排，每個星期，從2014年1月，一個新的人物海報給每個購買的人。 艾密特、溫絲黛、蝙蝠俠和長老來到了反企業總裁的無規定國度咕咕雲谷，並遇見了獨角貓、太空人班尼、超人、綠光戰警、神力女超人、籃球明星等知名人物。 和Feral Interactive（用於macOS）開發，由華納兄弟互動娛樂發行。
為了把卷軸帶走，寇是唯一一個沒能趕在天亮前離開鬼廟的忍者，讓他變成幽靈的形式。 對於這件事，讓寇陷入無比低潮，他沒辦法感覺到冷熱，不會肚子餓，更重要的是：只要一不小心碰到水，他就從此消失在這世界上了。 雖然變成鬼有很多不方便，但他也得以在戰鬥中，運用身為鬼的優勢，突破許多困境。 當摩羅出現，並附身在勞埃德身上後，胡大师這才坦言，忍者們並不是胡大師的第一批學生。 當年，當吴大師還年輕時，曾經在修道院外面遇到一個在外流浪的孩子，也就是摩羅，胡大師將他留在修道院，進行訓練。 看到忍者們已經搶先拿下水晶，摩罗威脅，如果還想看到勞埃德，就拿水晶來交換。
當忍者們被關入監獄的期間，納達可汗偷竊到被藏起來的國度水晶，把他的天空海盜們全部釋放回來，並找回當年他的海盜船「闇黑堡壘號」(Misfortune’s Keep)。 全員團聚後，納達可汗決定利用國度水晶，回到他真正的老家：另一個國度「精靈國」 去看看。 一開通傳送門後，卻發現精靈國正在崩解中，納達可汗看到他的父親，同時是精靈國的統治者「精靈王」，坐在王座上。 雖然進入每個國度的方法不同，但這季中，被守護在初代旋風術大師之墓的「國度水晶」，卻可以任意開通前往大部分國度的通道。 除了魔洛之外，另一個在這一季中全新登場的，就是「羅南」 這個角色。
而精靈國的姊妹國度，正就是前一季中，被赤蘭用大海消滅的詛咒魔域。 在前一季中增加了「十六個國度」的設定，也就是除了忍者們存在的這個世界外，還有另外十六個國度與之平行，基本上就很類似「平行宇宙」的概念，其中包含到一些忍者們先前歷險過的地區。 就這麼一句發自內心的願望，被納達可汗聽到，而願望之力就將時光往前倒回，一路回到起點，回到當時忍者們還在躲避記者與粉絲的時間點，回到克勞斯還在尋找神燈的時候。 當克勞斯找到神燈，準備將之撿起來，就遭到民眾追趕，讓神燈被留在垃圾堆中，從此遺失下去。 在這時，納達可汗也正在準備與赤蘭的婚禮，雖然赤蘭與他的愛人狄拉拉是兩個不同的人，但納達可汗也藉由威脅手下許願，把逝去的狄拉拉的靈魂帶回來，附身在赤蘭身上，完成婚禮，進而得到無限願望。
- 設定在第五、第六季之間的外傳故事，描述剛逃脫出詛咒魔域的克勞斯企圖捕捉名為土匪（Bandit）的稀有陰陽龍，將其培養成令人畏懼的暗影龍使忍者國陷入黑暗，但忍者介入並使土匪轉而成長為光明龍，阻止了克勞斯的詭計。
- 結果當把四把黃金神器，拿到摩羅身旁時，發現毫無反應，這才發覺摩羅並不是預言中的綠忍者。
- 他將自己的冰元素之力開到最大，才終於消滅掉黑暗之主的形體，卻也因為身體負荷不了而全部摧毀。
- 雖然在光之神廟取得了元素之力，但五位忍者無法對付重新取得肉身，也集結大軍跟巨大兵器的黑暗之主，他們失敗了，只得看著整座城市陷入混亂。
- 雖然說忍者們是一起行動，但這一季的真正主角則是其中的雷忍者阿光，從最初登場起就一直迷戀赤蘭的他，一直很希望能得到赤蘭芳心。
- 接著，摩罗就表示，他一定要找到初代旋風術大師，也就是吴大師的父親，被埋葬的墳墓，就離開道場。
就是在前導季中，忍者們最一開始使用的四把黃金神器，在第二季裡，因為伽瑪當君王的關係，把四把黃金神器融在一起，變成這把「巨大兵器」，當時在不當使用之下，巨大兵器飛往宇宙，卡在一顆彗星之上。 本來以為這把神器就這麼從這齣劇裡退場，沒想到又在這季中出現。 彼拉等人查到了這把巨大兵器的所在位置，製造火箭，前往太空來尋找，這就是黑暗之主獲得強大力量的最後一步。 在此同時，在博格的數位助理皮克莎 (P.I.X.A.L.) 幫助下，忍者們進入數位宇宙，與數位形式的黑暗之主大戰一場。 若能在數位世界中徹底消滅黑暗之主，就能阻止他的計畫。 但在戰鬥過程中，因為身體已經製造完成，黑暗之主就來到現實，離開了數位宇宙。
在戰鬥的過程中，為了掩護忍者，吴大師也遭到機器忍者挾持，被帶去改造成邪惡機器人，博格也被控制心靈，變成邪惡蜘蛛型機器人。 既然整個城市的電子網絡都被控制，忍者們的策略，就是先關閉城市內的發電廠，當失去能源後，就能大幅度削弱黑暗之主的能力。 在第五集 樂高旋風忍者遊戲 “Child’s Play” 中，伽瑪當君王意外逆轉了時間，復活了陳列在博物館的遠古猛獸 “Grundle”，同時也不小心把四名忍者變成跟勞埃德一樣年紀的小孩。
此超人氣拼砌玩具是適合孩子的酷炫好禮，讓他們重現《星際大戰：複製人之戰》情節，並為他們的其他樂高星際大戰系列盒組增加額外的趣味遊戲可能性。 在這款全新的《旋風忍者大電影：電視遊戲》中找出你心中的忍者！ 扮演你最喜愛的忍者 Lloyd、Jay、Kai、Cole、Zane、Nya 和 Master Wu，一同保衛他們的家鄉 Ninjago 島，對抗邪惡的 Lord Garmadon 和他的鯊魚軍隊。 駕馭忍術的奧義，使出牆壁衝刺、大跳躍和與 Ninjago 的夥伴一同戰鬥來提升並加強忍者們的戰鬥技巧。
原先寇與尼雅兩人之間並無特別好感，但當忍者們拜訪博格大樓，皮克莎看見了他們，立即計算出「寇與尼雅是最佳的配對」，就這麼開啟了這兩人的曖昧關係。 就從這時候開始，寇與杰無時不為吸引尼雅注意，而彼此競爭，兩人也越來越水火不容。 從第一季就揭曉是一名機器人，赞不只是帥氣機械忍者而已。 前面看到對自己的迷惘，還有與父親的親情，這一季則是往戀愛這一塊發展。 在忍者們一開始來到科學大樓時，遇到了博格的個人助理：皮克莎 (P.I.X.A.L.)，這就展開了赞與皮克莎的戀愛史。 樂高旋風忍者遊戲 當然，兩人畢竟是機器人，所以無法理解「愛」為何物，更不熟悉那種喜歡上對方的感覺，但就是彼此吸引。
他也提到，當年曾經有一場人蛇大戰 樂高旋風忍者遊戲 (這部分在第一季就提到過)，雖然人類與蛇族之間一度休戰，但後來因為蛇族先破壞休戰條約，才又讓戰爭繼續打下最。 最後是因為找到一種能擾亂蛇族思想的蛇笛，才讓人類打贏這場人蛇戰爭。 其中，紫邪蛇族的大將軍則受到特別嚴重的懲罰：被流放到另一個名叫「詛咒魔域」 的次元中。 第一季最後，雖然擊敗了巨蛇魔王，拯救了整個 Ninjago，但因為當時打敗巨蛇魔王的是持有四把神器的伽瑪當君王，所以其他忍者並沒有被當成英雄對待。 也因為命运赏赐号在第一季最後被巨蛇魔王咬爛，使得忍者們再度無家可歸，連訓練場地都沒有，只好在城中四處打工，好不容易才找到一間品質很差的小公寓，七個人擠一擠，住在一起。
但即使是吴大師也不曉得他父親的墓在哪，因為他父親並沒有留下任何訊息。 樂高旋風忍者遊戲 忍者們回到地球上，與掌握全新力量的黑暗之主大戰一場。 現在，黑暗之主拿到了由巨大兵器打造而成的武器，掌握了初代旋風術大師的力量後，能夠呼風喚雨，甚至讓自己巨大化。 冰忍卻利用最後的機會，將自己的冰元素能力開到最大，將黑暗之主摧毀，但也因此犧牲掉了自己，離其他忍者們而去。
當忍者們來到雲中王國 時，裡面的人告知說原來有十六個國度，彼此平行。 這十六個國度，包括有故事主要發生地「忍者國」、前導季中，伽瑪當君王與骷髏大軍所在的「地下世界」；第一季中，伽瑪當長出四條手臂的黑暗世界「瘋狂魔域」 ；在上一季中，伽瑪當師父犧牲掉自己後，所進入的「詛咒魔域」。 另外，在這邊看到的「雲中國度」，實際上也是十六個國度之一。 當時預言中的「綠忍者」尚未出現，年輕的胡大師也尚缺乏往後的智慧，看到身手矯健的摩羅，學習速度很快，展現出相當的天分時，胡大師也一直跟他講「也許你就是預言中的綠忍者」。 結果當把四把黃金神器，拿到摩羅身旁時，發現毫無反應，這才發覺摩羅並不是預言中的綠忍者。
第6集：赤地與冰忍遇到一群格克族，後者誤認兩人為骷髏巫士的手下而將他們逮捕並送至格克族洞穴裏的法庭。 在那裡，格克族首領格奇決定交由野獸「麥諾」審判他們是否有罪。 設定在特別篇《亡靈紀念日》事件的隔天，忍者們被要求到紀念日當天遭受嚴重破壞的歷史博物館幫忙善後，同時彼拉偷走了博格企業尚未公開的新產品的原型，而忍者們必須在彼拉將該新商品公諸於世前將其奪回來。 眾反派各自挑了要算帳的對象，魔洛的目標理所當然是胡大師，但事情並不是你我想像的那樣，魔洛先前只是裝作要復仇，事實上是前來幫助忍者們的，而且他幫完忙之後就回博物館乖乖站好。
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