2006年第三季，中友百貨每股淨值僅剩3.39元，故申請股票下櫃；9月，董事長劉福壽請辭，改由財務部協理李奇庭接任；12月26日，中友百貨股票停止在櫃檯買賣市場公開交易。 1997年，中屋機構將旗下的中友建設納入中友百貨，以中友百貨名義申請股票上櫃買賣（上櫃股票代號：5901），下設百貨事業部及建設事業部；也正因如此，在房地產不景氣時，建設事業部拖累到百貨事業部，使得中友百貨股價一直沒有起色，也引發外界對其資金流向的爭議。 中屋機構旗下並有中屋建設實業、中屋營造、中賓停車場、友聯國際、捷偉企業、友盟事業、中建開發、中傑開發、明谷開發、友新開發、鉅堡工業、神農山莊實業、神農文教基金會等。 2010年9月3日，中友食尚風味館（原P.S.流行館）於鄰近的育才北路上開業，包含沿街式的餐廳店面與地上立體停車場（後於2020年2月由屋馬燒肉進駐，撤下食尚風味館招牌，停車場仍續開放）。
2021年8月，彰化縣政府委託彰化市公所辦理的彰化市第二停車場BOT商場開發案，由中屋機構旗下友聯國際經甄審會通過成為最優申請人，該案特許期間為50年，預計斥資27億元興建中友百貨彰化店。 2010年總體營收達到87億元，營運同時轉虧為盈。 2017年6月前董事長劉福壽回任董事長，2018年3月劉福壽其子劉嘉誠接任總經理，展開二代接班。 位於彰化市的彰化店於2025年開業後，啟動中友百貨股票上櫃。 黄埔花園店最後營業至2021年12月27日後經已結業。
中友百貨uniqlo: 分店
1999年營業額為人民幣2.9億元，2000年為5億元，2001年為7.9億元。 2001年，台灣團隊撤出，僅供授權中友百貨品牌予陸資集團接手經營。 2013年6月16日，因中友百貨商標授權到期，更名為漢光百貨。 2022年4月，彰化縣政府、彰化市公所與友聯國際共同簽署彰化市第二停車場BOT商場開發案合約，預計將投資43億元，打造地下2層、地上14層、樓地板面積達3萬坪，白色緞帶式建築的百貨商城。
分店地址營業樓層營業面積簡介彰化店彰化縣彰化市旭光西路75號地上十四層～地下四層為彰化市第二停車場附屬事業，2022年11月10日開工，預計2025年開業。 並將認養一旁2,000坪的成功公園，打造成彰化市民廣場。 分店圖片地址營業樓層營業面積簡介北京中友百貨北京市西城區西單北大街176號地上九層～地下一層（地下第二層為停車場）1998年12月31日開業，位於「華南大廈」內，為北京市西單商業區第一家台資百貨公司。
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寶林新都城店已於9月23日開幕，荃灣愉景新城將於11月4日開幕。 1999年爆發金融風暴，中友百貨建設事業部被銀行緊縮銀根，爆發財務危機，一度向法院聲請重整後又撤銷。 中友百貨1999年度淨損18.43億元，每股淨損4.12元；以法定盈餘及資本公積彌補後，期末累積虧損3.21億元；當年度曾四次調降財測。
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