因尚无真正适用的分子结构理论，复杂分子的细致结构不能预言，只能从实验测得。 量子力学认为，原子中的轨道电子具有波动性，用数学方法处理电子驻波（原子轨道）就能确定原子间或原子团间键的形成方式。 量子力学方法是建立在实验数据和近似的数学运算（由高速电子计算机进行运算）相结合的基础上的，对简单的体系才是精确的，例如对水分子形状的预言。 另一种理论是把分子看成一个静电平衡体系：电子和原子核的引力倾向于最大，电子间的斥力倾向于最小，各原子核和相邻原子中电子的引力也是很重要的。
- 六个碳原子在同一个平面上形成了六边形的环，伸展成片层结构，对于同一层来说，它是原子晶体。
- 如果交替地每次挡住其中一条缝，就可以肯定每个光子通过的是另一条缝，结果是双缝干涉条纹消失了，屏幕上显示单缝衍射图样。
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- 尤其中轴以外各轴上的质子和电子的排列，存在多种可能性。
- 虽然几乎任何实验室都有可能以这种形式制作廉价的3d打印件，但要获得值得展示的高质量模型，还需要更多的打印后工作。
- 因此就一个物体而言，它是其内分子共同构成一个协变系统。
为了使负电中心的斥力减至最小，体系尽可能对称的排列，所以当体系有2个电子对时，它们呈线型排列（180°）；有3个电子对时呈三角平面排列，键角120°。 分子动力学模拟（MD）可以用来描述分子系统的动态变化，原子和分子在指定的分子力场控制下进行运动。 假定分子相互作用遵循经典力学规律，在模拟中对所有原子运动的牛顿方程进行求解，计算两个原子之间的相互作用时，不考虑其他原子的作用。 动力学模拟从初始构象开始，然后将分子浸入溶剂中，因此需要构建相应的溶剂模型，同时为了满足体系的电中性需要添加离子。
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据此系统相对论认为，中微子与电子结构类似，是由较小光子聚合而成近长方体的稳态粒子，但所含光子的层数和尺寸远小于电子。 一方面，由于中微子尺度小，而呈现出具有极强的穿透力；另一方面，由于中微子场非常弱，这使它难以探测。 电子既带电荷又有质量，而电荷和质量本质上是表征库仑力和万有引力的一种计量方式，这两种不同性质的力反映出电子具有两种不同性质的场。 可见，电子同时具有表征质量性质和电荷性质两种类型的场。
根据原子核的梭状模型原理，参考元素丰度和元素周期理论，建立元素周期表的前两个周期元素的核结构模型和原子核中核子排列分别见图7-3和下表。 电子的四个侧面如同四个条形磁铁，从每个端面看都是相对两侧面极性相同，相邻两侧面极性相反，称之为四极场。 质子场的极性场也属四极场(见后文)，因此电子和质子一样，也具有电四极矩性质。 然而，对于电子为什么既有质量又带电荷，尚给不出合理的解释。 上世纪80年代已知的层子、反层子已达36种，轻子、反轻子已达12种，再加上作为力的传递者的规范场粒子以及希格斯粒子，总数已很多，这就使人们去设想这些粒子的结构。 对此物理学家们已经给出许多理论模型，但各模型之间差别很大，近期内还很难由实验验证和判断究竟哪个模型正确。
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核量子效应很少被明确地包括在水的模型内，而该效应会引起相邻水分子之间的高质子交换，以及在低温下氢键的增强和在高温时氢键的减弱。 这40多个刚性、柔性、可极化和从头算模型中没有一个能够同时符合实验径向分布模型和实验内能。 分子动力学模拟与X射线吸收光谱在预测第一配位壳层的氢键时出现了较大差异。 总而言之，在所有力场模型中，水的MB-pol多体势表现较好，该模型在冰和水的物理状态范围内给出了一些一致的理论预测，包括正确地再现温度与许多结构、热力学和动力学特性的依赖性。 此外还有过渡类型的键：键电子偏向一方的共价键称为极性键，由一方提供成键电子的键称为配位键。
1960年物理学国际会议决定，定义一个C中性原子处于基态时静止质量的1/12为原子质量单位。 从上述原子核模型可知，原子核具有由中性场和极性场构成的复杂的场结构，“原子质量单位”仅是一种极为粗造的描述原子核的一种方法而已。 根据原子核长毛原理和图2-8中子模型可知，中子的半径比质子的半径要大一些，因此中子表面附着的光子的能量比质子的要高一些，而这些光子的能量主要以中性场的形式体现出来，即体现为质量。 因此，当一个质子和一个电子结合成一个中子时，质量就会出现增溢。 现代物理学认为，中子是中性不带电的、自旋为1/2的粒子。
分子中原子的空间关系不是固定的，除了分子本身在气体和液体中的平动外，分子结构中的各部分也都处于连续的运动中。 分子所处的状态（固态、液态、气态、溶解在溶液中或吸附在表面上）不同，分子的精确尺寸也不同。 分子结构，或称分子平面结构、分子形状、分子几何，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。 分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态、颜色、磁性和生物活性。 分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。 水是研究最为广泛的一种流体，目前已有多种分子模型可供选择。
产品受 网站上 TurboSquid，Inc 使用条款 的约束。 平面三角形：所有原子处在一个平面上，三个周边原子均匀分布在中心原子周围，键角120°，例如三氟化硼BF3。 当任意一个缝被挡住，间隔消失了，间隔上的电流磁场也就消失，缝隙场也就不存在了，所谓干涉条纹也就消失了。 于是，在屏幕上呈现出因受缝隙边沿临界场影响而形成的衍射图案。 分子電子躍遷和分子中電子雲的結構及化學鍵的狀態有關。
细致观察电子的一些特性，可以窥见电子存在结构的信息。 系统相对论的解释是：根据场域原理，在强磁场中，碱金属原子的场域都较小，原子场域都相对独立而几乎不存在相互作用。 系统相对论认为，所谓自旋就是指粒子的自转，所谓自旋量子数是对处于转动状态下的粒子场的结构对称性的一种描述。 另一方面，一个粒子与物体的相互作用，本质是与物体中的某个粒子的相互作用(如核外电子、原子核等)，只不过这个粒子处于束缚态、具有我们可以描述的位置和状态罢了。
对接程序用于预测选定受体结合口袋内小分子模型的结合姿势和能量。 过去许多配体模型（通常取自易于合成或商业购买的化合物数据库）被停靠到单个静态受体结构（通常从 NMR 或 X 射线晶体学中获得）中。 分子动力学模拟和它们对蛋白质运动的预测在药物发现中发挥重要作用。 就像一张跑步者的照片几乎不能说明她的步幅一样，一个蛋白质的构象也不能说明蛋白质的动力学。 由核磁共振、x射线晶体学和同源建模产生的静态模型为了解大分子结构提供了帮助，但分子识别和药物结合是非常动态的过程。
在石墨晶体中，同层的碳原子以sp2杂化形成共价键，每一个碳原子以三个共价键与另外三个原子相连。 六个碳原子在同一个平面上形成了六边形的环，伸展成片层结构，对于同一层来说，它是原子晶体。 在同一平面的碳原子还各剩下一个p轨道，它们相互重叠，电子比较自由，相当于金属中的自由电子，所以石墨能导热和导电。 从上述核结构模型可以看出，核力是由核子之间多个中性场之间和极性场之间的耦合力共同构成的，其中中性场之间的耦合力起主导作用。 可见，核力和引力是性质相同的力，关于核力的短程性，这是由质子费米级的场强衰减步长(即质子半径)所决定的。
如果一个粒子与束缚态粒子相互作用就表现出粒子性，而与自由态粒子相互作用时就表现出波动性。 这显然是表明，一个粒子是根据与它作用粒子的束缚态或自由态，来决定它要表现出粒子性或波动性。 虽然二维结构表示分子形式是非常有效的，可以帮助化学家快速理解和识别分子结构，三维结构对于理解药物分子的理化性质和合理的药物设计则非常重要，因此三维结构的测定就显得尤其关键。 在药物设计中，只要能够获得晶体结构，都会作为解释药物分子生物活性的不可或缺的证据。
因此就一个物体而言，它是其内分子共同构成一个协变系统。 和光子一样，电子的场从内到外也分为内场、临界场和外场三层结构，如图2-6中c所示。 电子中光子的独立场线(是指未与相邻光子耦合的场线，参见图2-3中b)的包络面围成的区域称作电子的内场，又称电子的本体。 光子的场结构如图2-3中b所示，光子的场是由内场、临界场和外场组成的三层结构。
- 三体效应对内能的贡献为14.5％，而两体势不能正确的描述该效应，即使是好模型也无法描述深冷水的情况。
- 这种现象被称为“色”禁闭，对于“色”禁闭现象的原因，至今还未能从理论上找到明确答案。
- 相邻原子之间的相互作用通过类似于弹簧的相互作用（表示化学键）和范德华力来描述。
- SPC/E模型的力场形式与SPC完全相同，只有原子的电荷值有所差别，实际使用时只需将SPC模型代码中的电荷设置替换成下面的形式即可。
- 该方法应用于计算化学、药物设计、计算生物学和材料科学等领域。
- 同样，将量子化学模型（涉及少量分子）与分子力学相结合时必须要小心，因为某些参数化的模型（例如TIP5P）可能不适用于混合模拟。
常见的石墨晶体结构图中都将碳原子作为点粒子看待，使得石墨的一些特性不容易直观理解。 根据系统相对论的碳原子模型(见图7-5)，绘制石墨晶体结构如图2-10所示。 当核外电子进入原子核的极性场中时，电子受到极性耦合引力的作用而改变运动方向。
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